常に安心できる水を飲むためには、浄水器を定期的にメンテナンスすることが大切です。メンテナンスで最も知られているのが、カートリッジ式です。様々なフィルターをカートリッジ内に詰め込み、それを新しく取り替えることで浄水能力を回復させます。フィルターは使い捨てで、蛇口直結型やビルトイン型の浄水器で数ヶ月に１回、据え置き型やセントラル型で１年に１回の交換が目安とされます。
交換するたびにフィルター代がかかります。しかし毎日使用することを考慮すれば、１日当たり数円程度とコストパフォーマンスが高いです。カートリッジを交換するのは容易で、各家庭で対処できます。次に、フィルターを長期間交換しなくて良いと宣伝されるのが、逆洗浄方式です。
しかし実際はカートリッジ式より頻繁にメンテナンスが必要で面倒です。１週間～１０日に１回はホースを繋ぎ変えて、水を逆流させます。６０℃以上のお湯で水圧を最大にして２０分間流しっぱなしにします。お風呂にお湯を張るより水道代やガス代がかかる方法です。
カートリッジを購入する費用はいらないですが、かえってお金がかかります。また繰り返しホースを繋ぎ変えることは、パーツの緩みや劣化を引き起こして水漏れする恐れがあります。さらにフィルターを使わないで磁気を利用した浄水器があります。メンテナンスの必要は全くありませんが、磁気が水を浄化できるのかは解明されていません。
浄水器としての機能が認められないので、不純物が混じる可能性があります。